我国保健食品生产企业普遍存在规模小、研发投入少、企业本身无研发人员、专业保健食品的研发人员又缺乏实际生产经验等实际情况，使得生产出的保健食品在质量和安全上得不到保障。而且我国保健食品过分依赖广告促销，使企业陷入研发低投入、广告高投入的怪圈。行业内产品仿制抄袭现象严重，无法保证产品品质，使整个行业陷入信任危机。
要保障保健食品产业的健康大发展，要唱响三部曲，具体应从以下几个方面制定切实有效的措施：
首先，要提高产品的科技含量，发展高新技术产业。所有从事保健食品生产的企业都应该清醒地认识到，未来保健食品的竞争核心必将是科技含量，加强科技投入迫在眉睫。特别是已经有一定经济实力的企业，更要重视产品应用的基础研究，努力提高新产品的科技含量和质量水平，使保健食品企业向高新技术企业过渡，让科技含量高的产品成为主流。只有保健食品企业不断更新技术和提高技术含量，开发出效果好、质量高、有特点的保健食品，使产品从低层次的价格战、广告战中走出来，转向高层次的技术战、服务战，才能缔造出我国保健食品的世界品牌，我国的保健食品才有能力进军国际市场。
其次，充分发挥中医药特长，努力开拓国际市场。中医药养生保健在我国有着5000多年的传统，并在国际上日益受到重视，在发达国家已经成为一种时尚。发挥传统中医药优势，积极地“走出去”，是我国保健食品开发的一条重要思路。当前，我国在中医药保健食品上要尽快形成一套完善的验证系统，包括中医现代化系统、中药质量、毒理安全及临床疗效评估验证系统、统一的中药实验室分析方法的标准化系统和配套系统，以便尽快获得发达国家的保健食品认证。
第三，加强消费者教育，树立正确的保健意识，形成科学的健康观念。成熟的产业离不开成熟的消费者，但目前消费者对养生保健及保健食品缺乏必要的知识。因此，保健食品广告宣传应尽快从功效宣传转向保健知识宣传，以保健知识宣传和品牌宣传为核心，提高消费者的保健意识，帮助消费者树立科学的营养观、健康观，树立“防病胜于治病”的理念，引导保健行业朝着养生、防病、健康的方向发展。