慢性乙型肝炎治疗的目标需要最大限度地长期抑制或消除HBV，以减轻肝细胞炎症坏死及肝纤维化从而延缓和阻止疾病进展。毫无疑问，抗乙肝病毒治疗是关键，只要有适应症，且条件允许，就应进行规范的抗病毒治疗。
抗肝炎药物各有优缺点
近年来上市的抗肝炎药物主要包括三大类，一类是核苷(酸)类，一类是干扰素，其次抗肝炎抗肝损伤的中成药。总体来看，核苷(酸)类药物的特点是可以抑制病毒。同时，这类药物能够减轻肝脏炎症，可以使转氨酶水平下降，也能够使一部分e抗原阳性的患者e抗原消失或者转换。并且，这类药物只需要口服，通常是一天一粒，有不同程度的不良反应，费用相对比较高一些，这类药物常需要长期使用。核苷(酸)类抗乙肝病毒药物目前上市的药物有拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦和替比夫定。抗肝炎抗肝损伤的中成药有六味五灵片等。
不能单以是否耐药衡量效果
拉米夫定的推出，对于慢性乙型肝炎的治疗可以说是一个里程碑。它进入肝细胞后通过抑制HBV过程中必需的酶——HBV聚合酶，从而有效阻止病毒的合成和复制。美国FDA在1998年批准拉米夫定上市。作为第一个上市的口服抗乙肝病毒药，它的临床数据最长达10年，临床数据也最为丰富。其改善肝脏炎症的情况也非常明显，同时可以取得组织学的改善。
有明确的数据证实拉米夫定可以降低乙肝相关性肝癌的发生率，该药适应范围广，即便对病情比较重甚至肝硬化失代偿的患者同样是有效和安全的。不过，药无完药，它也有缺点，这一缺点也是核苷类似药物的通病，就是在长期用的过程中容易发生耐药，不过可以在用药早期(通常3-6个月)内根据降病毒的幅度或者是否发生耐药早期换用或联合其他核苷类似物如阿德福韦酯等进行治疗，就能从容应对拉米夫定的耐药问题了。
专科医生指导下科学选药
第二个上市的核苷类似药物是阿德福韦酯，它同样能够很明显地抑制病毒，在抑制病毒的同时也能够使肝脏炎症，转氨酶指标改善，使肝组织学改善。还有一个的特点是发生耐药的机会比较低，特别是对于需要长期治疗且病毒水平不是非常高的患者。并且，病毒对阿德福韦酯的耐药位点和拉米夫定的耐药位点不存在交叉，这在目前已上市的核苷(酸)类似物中是独一无二的，对于拉米夫定失效的患者可以首先选择该药。
恩替卡韦、替比夫定则是分别在2005年及2006年获得美国FDA批准上市的口服抗病毒新药，均具有很强的抑制病毒能力，在抑制病毒的同时可以使肝脏的炎症改善，也可以使转氨酶的指标改善。由于乙肝的抗病毒治疗是长期的，作为新上市不久的药物，对于其长期抗病毒效果、耐药率和可能的安全性正在搜集更大量的临床数据来检验。
另一大类抗乙肝病毒药物是干扰素。从上世纪80年代末起，干扰素广泛应用于乙肝治疗，2005年长效干扰素也登上历史舞台。它的特点是既可以直接抑制病毒，又具有免疫调节的作用，所以能够在抑制乙肝病毒复制的同时使患者达到免疫应答。在治疗的过程中，疗程是固定的。只是抑制病毒的作用没核苷(酸)类似物那么强、那么快，费用也相对较高。干扰素药物需要注射使用，不良反应(如流感样症状、骨髓抑制、脱发等)也相对较大些，这给患者带来不小的痛苦和不便。
选对中药同样可以抗肝炎抗病毒
以上介绍的都是西药，长期服用会有不同程度的副作用以及耐药性发生，突然停药后反跳率较高。目前治疗乙肝的抗肝炎抗病毒药物大部分是西药。大部分西药治疗慢性乙肝需要长期服用，而随着用药时间的延长，病毒发生变异而耐药的可能性越来越大，并且概率是逐年增加。中医中药在这方面就占了很大的优势：他主要是通过改善人体自身免疫功能、增强清除HBV的能力来体现其抗病毒作用。所以其使病毒产生耐药性的几率就比西药少得多。解放军第302医院跟世博金都药业联合研制的六味五灵片含有五味子、女贞子等六种中药成份综合作用，能够滋肾养肝，活血解毒，抑制病毒升高所致的转氨酶升高、阻断肝纤维化、防止肝脏新生物产生;六味五灵片在配方上遵循君臣佐使的组方原则，并根据中医的肝肾同源理论，采用了治肝补肾的治疗方法，能够起到异病同治的作用。